What formula is used to calculate the Severity Scoring for my Antigen Assay?

ROSALIND DxM has worked closely with the FDA and NIH to develop a scoring methodology that provides guidance while interpreting the DxM in-silico modeling.

The following tables break down the method used to calculate the severity scoring for an Antigen Assay on ROSALIND. If you would like more information, please feel free to contact support@rosalind.bio

AA changes

on CDC list

S:S13I

S:H69-

S:V70-

S:W152C

S:Y144-

S:K417N

S:K417T

S:L452R

S:E484K

S:S494P

S:501Y

S:A570D

S:D614G

S:P681H

S:A701V

N:M1X

N:D3L

N:P67S

N:R203K

N:R203M

N:T204R

N:T205I

N:M234I

N:S235F

N:D377Y

N:D399N

N:D399Y

N:D399H

N:D399E

N:D399G

Accessible positions for
N protein	S protein
1	17
2	18
3	19
4	20
5	21
6	22
7	23
8	24
9	25
10	26
11	27
12	28
13	30
14	40
15	46
16	52
17	59
18	61
19	66
20	67
21	68
22	69
23	70
24	71
25	77
26	80
27	82
28	83
29	85
30	87
31	88
32	92
33	95
34	99
35	100
36	108
37	109
38	112
39	113
40	114
41	117
42	118
43	119
44	120
45	122
46	123
47	124
48	129
49	131
60	132
62	134
66	135
68	137
75	138
77	140
78	141
80	142
81	148
82	155
93	157
94	158
95	159
96	161
98	163
99	164
101	165
102	167
103	168
104	169
120	171
121	176
123	182
127	184
129	187
137	188
138	194
140	195
141	198
142	202
143	207
145	209
146	211
151	212
152	213
153	214
154	217
156	218
159	222
161	232
163	234
164	236
165	237
167	239
170	240
173	243
174	244
175	245
176	246
177	251
178	253
179	255
180	261
181	262
182	263
183	264
184	265
185	271
186	272
187	276
188	279
189	280
190	281
191	282
192	286
193	290
194	292
195	294
196	295
197	296
198	303
199	304
200	307
201	308
202	309
203	310
204	314
205	316
206	320
207	321
208	323
209	324
210	325
211	331
212	333
213	334
214	335
215	337
216	339
217	341
218	343
219	344
220	345
221	352
222	354
223	356
224	360
225	362
226	364
227	366
228	367
229	370
230	371
231	372
232	373
233	375
234	376
235	377
236	378
237	380
238	381
239	385
240	386
241	387
242	389
243	391
244	401
245	404
246	405
247	406
248	407
249	408
250	409
251	410
252	413
253	415
254	418
255	419
256	420
257	421
258	422
263	424
266	426
267	427
271	437
272	439
276	440
279	448
280	449
281	450
282	451
289	455
293	459
299	462
302	466
324	467
326	469
327	470
334	471
338	473
340	475
341	477
342	480
344	487
345	488
347	489
348	490
351	491
354	494
355	496
361	498
362	499
364	500
365	501
366	503
367	505
368	507
369	518
370	522
371	523
372	525
373	527
374	531
375	532
376	534
377	536
378	537
379	539
380	540
381	544
382	545
383	552
384	553
385	554
386	555
387	556
388	557
389	558
390	559
391	561
392	569
393	576
394	577
395	581
396	582
397	583
398	584
399	588
400	589
401	590
402	592
403	594
404	597
405	598
406	603
407	604
408	606
409	607
410	616
411	618
412	620
413	627
414	635
415	636
416	638
417	639
418	640
419	641
	642
	644
	646
	649
	653
	654
	656
	657
	658
	660
	661
	664
	665
	667
	674
	678
	681
	682
	683
	687
	688
	689
	690
	692
	694
	696
	700
	701
	702
	703
	706
	709
	710
	713
	716
	717
	719
	721
	723
	726
	730
	731
	739
	747
	751
	754
	761
	765
	768
	772
	773
	776
	779
	784
	786
	788
	790
	792
	793
	794
	796
	799
	800
	801
	803
	804
	805
	806
	808
	809
	810
	813
	816
	817
	819
	820
	823
	824
	827
	828
	849
	851
	853
	854
	855
	861
	863
	867
	868
	883
	886
	892
	901
	907
	908
	921
	922
	925
	929
	933
	934
	936
	937
	939
	940
	941
	942
	943
	947
	949
	950
	953
	954
	955
	956
	957
	960
	962
	963
	964
	976
	977
	981
	982
	983
	985
	986
	987
	988
	990
	991
	993
	994
	997
	998
	1020
	1023
	1038
	1043
	1045
	1065
	1067
	1070
	1071
	1073
	1074
	1076
	1084
	1085
	1086
	1091
	1092
	1099
	1100
	1101
	1113
	1114
	1117
	1118
	1122
	1124
	1125
	1127
	1128
	1130
	1131
	1134
	1136
	1138
	1140
	1142
	1143
	1146
	1147
	1148
	1149
	1150
	1151
	1152
	1153
	1154
	1155
	1156
	1157
	1158
	1159
	1160
	1161
	1162
	1163
	1164
	1165
	1166
	1167
	1168
	1169
	1170
	1171
	1172
	1173
	1174
	1175
	1176
	1177
	1178
	1179
	1180
	1181
	1182
	1183
	1184
	1185
	1186
	1187
	1188
	1189
	1190
	1191
	1192
	1193
	1194
	1195
	1196
	1197
	1198
	1199
	1200
	1201
	1202
	1203
	1204
	1205
	1206
	1207
	1208
	1209
	1210